PRINCÍPIOS E TÉCNICAS DE ELETROENCEFALOGRAFIA EM NEUROCIÊNCIA
AULA 06 - Transformada de Hilbert e a Decomposição em Modos Empíricos
Instituto de Ciência e Tecnologia
Graduação em Engenharia Biomédica
Prof. Dr. Adenauer G. Casali
Laboratório de Neuroengenharia e Computação
casali@unifesp.br
PRINCÍPIOS E TÉCNICAS DE EEG EM NEUROCIÊNCIA
Adenauer G. CASALI
AULA 06
Nesta aula, nós veremos...
Wavelets
Frequência da wavelet
"Envelope"
Parte real:
Parte Imaginária:
1. Fase e Decomposição Tempo-Frequência
Princípios e Técnicas de EEG
Aula 06
Wavelet de Morlet
Parte real:
Parte Imaginária:
1. Fase e Decomposição Tempo-Frequência
Princípios e Técnicas de EEG
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1. Fase e Decomposição Tempo-Frequência
Cohen, M. - Analyzing Neural Time Series Data (2014) - cap. 13
Princípios e Técnicas de EEG
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1. Fase e Decomposição Tempo-Frequência
Cohen, M. - Analyzing Neural Time Series Data (2014) - cap. 13
Princípios e Técnicas de EEG
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2. A Transformada de Hilbert
Princípios e Técnicas de EEG
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2. A Transformada de Hilbert
Princípios e Técnicas de EEG
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2. A Transformada de Hilbert
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2. A Transformada de Hilbert
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2. A Transformada de Hilbert
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2. A Transformada de Hilbert
3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Esta fase tem informação da frequência?
A Transformada de Hilbert deve ser combinada à filtragem!
Tempo-frequência com wavelet:
Tempo-frequência com Hilbert:
wavelet
resposta ao impulso do filtro
Ver: Bruns, A (2004)
Principal vantagem de Hilbert: melhor controle sobre a convolução (mas essencialmente os métodos são equivalentes!)
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em geral não é frequência física!
Mas qual filtro usar?
Prefira filtros FIR
Principal vantagem de Hilbert: melhor controle sobre a convolução
Dois métodos típicos de construção: erro quadrático mínimo, janelamento
Lembre-se: o filtro é como uma wavelet - a frequência mínima determina a ordem mínima do filtro (tipicamente a duração da resposta ao impulso deve ser de pelo menos 3 ciclos da frequência mínima)
Sempre inspecione o seu filtro!
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Método 1: scipy.signal.firls
Você determina a forma ideal da resposta em frequência e o Python encontra os coeficientes do filtro FIR (fase linear) que melhor reproduz a resposta em frequência desejada (em termos de erro quadrático médio)
numtaps = número de coeficientes do filtro (número ímpar, igual à ordem do filtro + 1)
bands = vetor com as frequências para determinar a forma da resposta em frequência
desired = vetor com as amplitudes da resposta em frequência desejada nas frequências determinadas em "bands".
fs = frequencia de amostragem em hz (se deixado como "None", o vetor "bands" será em unidades de frequencia normalizada, onde 1 = taxa de Nyquist).
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Método 1: scipy.signal.firls
Exemplo
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Método 2: mne.filter.filter_data
Filtro FIR gerado pelo método de janelamento.
sfreq = frequencia de amostragem em hz
l_freq = frequência baixa de corte (None = passa-baixa)
h_freq = frequência alta de corte (None = passa-alta)
filter_length = ordem do filtro ('auto' = calcula em automático)
fir_window = janela usada para o filtro ('hamming', 'han' ou 'blackman')
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Método 2: mne.filter.filter_data
Exemplo janelas (ordem = 102)
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
Tempo-Frequência no MNE:
Veja também este exemplo sobre o uso dos diferentes métodos de tempo-frequência
Hilbert: método "apply_hilbert"
Morlet (e outros): ver família de métodos "time_frequency"
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3. Extraindo a fase com a Transformada de Hilbert
A transformada de Hilbert possibilita encontrar a fase e a amplitude instantâneas do sinal. Mas o problema é que não há informação da frequência (para isso é necessário filtros).
Exceto se...
Existisse uma forma de decompor o sinal em sinais "monocomponentes" (que só possuem uma frequência)!
Essa é a ideia por trás da Transformada Hilbert-Huang
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Todas análises baseadas na Transformada de Fourier assumem que:
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Senos e cossenos são combinados linearmente.
Saltos nos sinais geram espectros largos e espúrios: é difícil gerar o não-linear a partir de combinações lineares!
Processos biológicos não são lineares!
A distribuição de probabilidade conjunta para um determinado número de amostras do sinal não varia no tempo.
Sinais biológicos quase nunca são estacionários!
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Hilbert-Huang: encontrar uma base empírica, de onde se possa extrair uma frequência instantânea que faça sentido. Que tipo de sinal tem frequência instantânea com sentido físico?
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Frequência instantânea só pode ser definida com sentido físico se o sinal for localmente simétrico em torno do zero, (sem "riding waves")
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Condições para que os sinais possuam frequencia instantânea interpretável:
1.Possuir um número de cruzamentos pelo zero igual ao número de extremos (diferindo no máximo por 1).
2. Ser localmente simétrica em relação ao zero
Mais do que isso: como não usaremos senos e cossenos, esta é uma condição necessária para definir o que é uma oscilação: uma oscilação válida deve ter um zero entre dois extremos
Sem esta condição a frequência instantânea de sinal real pode ser negativa.
Sem esta condição não garantimos sinais "monocomponentes": podemos ter duas oscilações sobrepostas, ou "riding waves"
Estes sinais de base são chamados de Intrinsic Mode Functions (IMFs)
O que caracteriza uma "Intrinsic Mode Function" (critérios de parada):
1. O número de zeros do sinal difere do número de extremos no máximo por 1.
2. A média do sinal é aproximadamente zero.
Uma componente oscilatória simples (como uma senoide) possui ciclos com máximo, mínimo e dois zeros, ou seja, número de zeros é igual ao número de extremos.
Se a média não fosse zero, poderiam ocorrer oscilações "encima" de outras ondas lentas (mistura de componentes)
Mas estes são critérios empíricos: não derivam de um teorema formal
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Estratégia para encontrar os chamados "Intrinsic Mode Function":
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Algoritmo do EMD:
Critérios para ser resíduo:
1. Monotônico (menos que 2 extremos)
2. Energia muito pequena (irrelevante na construção do sinal)
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Ao fim do processo:
Sinal original
IMFs
Resíduo
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4. A Transformada Hilbert-Huang
Resíduo
Sinal
IMFs
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4. A Transformada Hilbert-Huang
IMFs são aproximadamente ortogonais!
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4. A Transformada Hilbert-Huang
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Próximas Aulas:
AULA 07 (Tópicos Avançados) - Informação neural
AULA 08 - Ritmos do EEG
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