Modelos de Programação Linear Inteira para o Problema de Rearranjo de Genomas

Alexsandro Oliveira Alexandrino

Orientador: Prof. Dr. Críston Pereira de Souza 

Co-Orientador: Prof. Msc. Lucas Ismaily B. Freitas 

Trabalhos Relacionados

LANCIA, G.; RINALDI, F.; SERAFINI, P. A unified integer programming model for genome rearrangement problems. In: . [S.l.]: In Bioinformatics and Biomedical Engineering (pp. 491-502). Springer International Publishing, 2015.

DIAS, Z.; SOUZA, C. C. de. Polynomial-sized ilp models for rearrangement distance problems. In: BRAZILIAN SYMPOSIUM ON BIOINFORMATICS. [S.l.: s.n.], 2007. p. 74.

Objetivo Geral

Criar um modelo de programação linear inteira para o problema de rearranjo de genomas com transposição, de forma mais eficiente do ponto de vista prático do que os existentes na literatura.

Objetivos Específicos

• Implementar o modelo definido por Lancia et al. (2015);
• Implementar o modelo definido por Dias e Souza (2007);
• Definir e implementar um modelo de programação inteira para o problema de rearranjo de genomas com transposição;
• Realizar testes e comparar os modelos implementados;
• Implementar a técnica de Relaxação Lagrangeana no modelo com melhores resultados práticos;
• Adicionar restrições extras nos modelos a fim de resolver instâncias maiores do problema

Revisão Bibliográfica

• Grafos
  • CORMEN, T. H.Introduction to algorithms. [S.l.]: MIT press, 2009.
  • BAFNA, V.; PEVZNER, P. A. Sorting by transpositions. In: . [S.l.]: JSIAM Journal on Discrete Mathematics, 11(2), 224-240, 1998.
• Rearranjo de Genomas
  • ​DIAS, U. M. Problemas de comparação de genomas (doctoral dissertation, universidadeestadual de campinas (unicamp). instituto de computação). In: . [S.l.: s.n.], 2012.
  • SETUBAL, J. C.; MEIDANIS, J.Introduction to computational molecular biology.[S.l.]: PWS Pub., 1997.
• Programação Linear
  • ​CORMEN, T. H.Introduction to algorithms. [S.l.]: MIT press, 2009.
  • WOLSEY, L. A.Integer programming. [S.l.]: Wiley New York, 1998. v. 42.
• Relaxação Lagrangeana
  • ​WOLSEY, L. A.Integer programming. [S.l.]: Wiley New York, 1998. v. 42.
  • BEASLEY, J. E. Lagrangian relaxation. In: JOHN WILEY & SONS, INC.Modernheuristic techniques for combinatorial problems. [S.l.], 1993. p. 243–303.

Procedimentos Metodológicos