Soutenance de PFE

Contexte du projet

• Domaine : Pathologies du système nerveux central
• Directeur : Charles R.G. Guttmann, MD
• Hopital : Brigham and Women's Hospital
• Localisation : Longwood area, Boston, MA, USA

Le laboratoire : Center for Neurological Imaging

Contexte du projet

• SPINE : Structured Planning and Implementation of New Explorations
• Principe : Laboratoire virtuel de neuro-imagerie
• Utilisateurs visés : Chercheurs, médecins, professeurs, développeurs, patients
• Outils : Ségmentation, annotation, règle

L'application : SPINE

Contexte du projet

• MAGNIMS : Magnetic Resonance Imaging in Multiple Sclerosis
• Rôle : Définition du rôle de l'IRM dans le diagnostique et le traitement de la sclérose en plaques
• Collaborateurs : VU University Medical Centre, Amsterdam
• Objectif : Comparaison de méthodes automatiques et de méthodes manuelles pour la segmentation du thalamus sur des IRM cérébrales

Circonstances : Expérience MAGNIMS 

Objectifs du projet

Module d'analyses statistiques et de visualisation de résultats issues d'images médicales pour SPINE

Objectifs du projet

• Analyse pertinente pour la recherche scientifique
• Visualisation des tracés effectués par les utilisateurs
• Mesures des tracés effectués par les utilisateurs
• Statistiques sur les mesures
• Comparaison entre les tracés
• Comparaison entre les utilisateurs
• Affichage esthétique et compréhensible des données
• Innovation dans les informations proposées
• Interface attractive
• Outil générique à tout type de mesures et d’expériences

Cahier des charges

Objectifs du projet

• Que faut-il calculer ?
• Que faut-il visualiser ?
• Comment le visualiser ?
• Comment rendre la page attractive ?

Problématique

Solution

Outils utilisés :

• Calcul : R-Project
• Affichage : ngTable de AngularJS

Affichage des résultats brutes

Mesures :

• Moyenne arithmétique
• Moyenne géométrique
• Médiane
• Déviation standard

Solution

Outils utilisés :

• Format de données : SVG
• Librairie manipulation de données : D3.js

Graphique de distribution : Boxplot

Solution

Outils utilisés :

• BrainBrowser
• Canvas HTML5

Visualisation simple d'une segmentation

Solution

1. Formation des groupes
2. Calculs de statistiques
3. Affichage du graphique Bland-Altman
4. Vote par groupe
5. Affichage de la superposition
6. Calcul du coefficient de similarité

Comparaison des segmentations : Méthode

Outils utilisés :

• Affichage : Modal Bootsrap
• Autocompletion : Filtre AngularJS
• Calcul : ITK

Solution

Comparaison des segmentations : Bland-Altman

Solution

Comparaison des segmentations

Outils utilisés :

• Support : Canvas HTML
• Couleur : Format HSV
• Affichage : BrainBrowser