Ivar Grytten
Opprinnelig plan: Reviewartikkel om graf-baserte genomer
Opprinnelig plan: Foreslå måter å representere intervaller i grafbaserte referansegenomer på
Status:
Opprinnelig plan: Undersøke måter for å representere ulike arter i en felles graf for å analysere forskjeller/likheter mellom artene samt analysere datasett i denne referansen.
Status:
Ikke gjort noe annet enn å veilede/hjelpe masterstudent
Mål: Undersøke om "statistical genomics" kan gjøres (bedre) ved å bruke grafbaserte referansegenomer
Status:
Har en plan for et mulig prosjekt fra start til slutt:
Graf laget fra GRCh38
For ulike sykdommer: Hente GWAS SNPs fra UCSC gwas catalog
Mappe reads for åpent kromatin for en rekke celletyper
For hver sykdom, finn celletypen med mest interaksjon.
Sammenlign med tidligere studier. Avgjøre om det å bruke en graf gir andre/bedre resultater
Status:
Må mappe åpent kromatin selv
Jobber med å mappe ved å bruke vg/Hisat2
Neste steg er statistikken i overlappsanalyse
Om mapping ikke går:
Legge prosjektet på is, eller:
Jobbe uten ekte data