A evolução de patógenos e mitigação de surtos, epidemias e pandemias
M.Sc. Laise de Moraes
2021
Endemia
Presença constante de um patógeno em um determinado local ao longo do tempo.
Pode afetar uma área tão pequena quanto uma cidade ou tão grande quanto um continente.
O número de casos observados é aproximadamente o mesmo que o esperado.
Surto
Um aumento maior do que o previsto e repentino no número de casos endêmicos.
Também pode ser o surgimento de casos em uma nova área. Caso não haja controle, um surto pode se tornar uma epidemia.
Epidemia
São essencialmente surtos sem restrições geográficas rígidas.
Afeta um grande número de pessoas em uma comunidade, população ou região.
Pandemia
É uma epidemia que se espalha por muitos países e muitos continentes ao redor do mundo.
Dois fatores importantes: transmissão e o movimento das pessoas.
vírus: 39
parasitas: 3
bactérias: 19
Recentes doenças infectocontagiosas emergentes e re-emergentes
(1981-2020)
Transmissão localizada
Redução da transmissão
Introdução ou emergência
Amplificação da infecção
Contenção
Antecipação
Controle e mitigação
Eliminação ou erradicação
Intervenções:
Fases epidêmicas:
Como quebrar as cadeias de transmissão?
Detecção precoce
Mudança de paradigma para a vigilância de patógenos
Como entender a migração dos patógenos?
É possível associar dados genéticos...
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
e informações de localidade...
Como entender a migração dos patógenos?
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
2021
2020
2019
2018
e datação...
Como entender a migração dos patógenos?
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
...para inferir possível ancestral comum mais recente das sequências
Como entender a migração dos patógenos?
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
Possível epidemia de HIV-1 no Caribe em meados de 1960.
"Salto" do HIV-1 do Caribe para s Estados Unidos em 1970.
NGS como ferramenta para recuperar "pedaços da história"
Migração do vírus da África para o Haiti
Outra onda epidêmica no Brasil (Roraima) em julho-agosto 2017
Entrada do CHIKV no Brasil (Feira de Santana, Bahia) em meados de julho-agosto 2014
O clado monofilético evidencia possível única entrada do CHIKV no suto de Roraima
NGS como ferramenta para recuperar "pedaços da história"
Informações de movimentação trazem novas possibilidades
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
Além de informações de localidade...
Informações de movimentação trazem novas possibilidades
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
podemos informar dados de viagem...
Informações de movimentação trazem novas possibilidades
Bayesian Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST)
...e recuperar informações que seriam perdidas
SARS-CoV-2 e movimentação de pessoas
Apenas localidade de isolamento
Localidade de isolamento e movimentação (viagem)
A trajetória da cadeia de Markov possibilita a visualização dos "saltos" dos ancestrais do vírus de localidade para outra.
SARS-CoV-2 e movimentação de pessoas no mundo
Apenas localidade de isolamento
Localidade de isolamento e movimentação (viagem)
A trajetória da cadeia de Markov possibilita a visualização dos "saltos" dos ancestrais do vírus de localidade para outra.
Comércio e guerra da antiguidade clássica: Peste antonina (século II), Peste de Cipriano (século III) e Peste Justiniana (século VI).
Contato pós-Colombo e colonização europeia: varíola, sarampo e outras doenças (século XV a XVIII).
Comércio transatlântico de escravos e colonização europeia: malária (século XVI a XIX).
Viagem aérea internacional: epidemia de SARS-CoV-1 (2002–2004).
Conectividade humana e era pré-moderna e moderna
Voos ao redor do mundo (2017)
Mudanças globais e impactos nas doenças infecciosas
Como podemos nos antecipar?
Abordagem de Saúde Única
Painéis NGS
Como podemos nos antecipar?
Painéis NGS
Abordagem de Saúde Única
Considerações finais
Outra possibilidade seria a vigilância entre trabalhadores de animais. A detecção de um patógeno animal nas vias respiratórias superiores de um trabalhador já demonstraria algum risco humano.
Em alternativa à Saúde Única, seria possível conduzir vigilância para novos patógenos zoonóticos em pacientes com pneumonia em áreas geográficas conhecidas por estarem em alto risco de novos patógenos respiratórios.
Existem desafios para a transição da pesquisa para a saúde pública e clínica, e isso inclui infraestrutura, recursos humanos, treinamento continuado, eficiência e custo.
A abordagem de sequenciamento pode ajudar a produzir dados para a seleção de vacinas contra patógenos emergentes e re-emergentes.