Điều này làm hệ vi sinh trong đường ruột bị mất cân bằng và dẫn đến rối loạn tiêu hóa, làm xuất hiện các triệu chứng như: nôn mửa, đầy bụng, khó tiêu, đau bụng, chán ăn, tiêu chảy,...
Theo tổng hợp của chuyên trang sức khỏe hellobacsi ước tính có khoảng 1/5 trẻ em dùng thuốc kháng sinh sẽ bị tiêu chảy. Đa số trẻ em dưới 2 tuổi thường bị triệu chứng này do hệ tiêu hóa yếu và có thể xảy ra khi dùng bất kỳ loại kháng sinh nào.