ChIP-Seq data analysis

ChIP-Seq is a widespread technique in epigenetics studies. Today we'll learn ChIP-Seq mapping and filtering; quality assessment with cross-correlation plot, NSC/RSC scores; peak calling and FRiP quality score; enrichment plot and correlation analysis.

ChIP-Seq data analysis

Today we'll talk about chromatin openness and ATAC-Seq. We'll finalize the ChIP-Seq data analysis.

Жизнь генов в трех измерениях: как ученые решают загадку пространственной укладки хроматина

Жизнь генов в трех измерениях: как ученые решают загадку пространственной укладки хроматина. В докладе я расскажу о молодой области науки, относящейся к разделу эпигенетики - исследовании пространственной организации хроматина. Долгое время ученые пренебрегали тем, что ДНК с генами упакована в ядре столь же компактно, как если бы мы свернули стометровую нить в рисовое зернышко. Как при этом ДНК не запутывается, клетка делится и наследует генетически материал, а гены продолжатют функционировать? На семинаре мы разберем эти вопросы, а также поговорим, почему ученый-биолог практически не может разрешить эти вопросы без математики и программирования.

Трехмерная организация генома: Избранные методики анализа данных.

Трехмерная организация генома: Избранные методики анализа данных.

Трехмерная организация генома: Практическая работа. Зоопарк в лаборатории.

Практическая работа с данными Hi-C

Трехмерная организация генома: Вводная лекция

Принципы трехмерной организации структуры хроматина. Поиск особенностей структуры.

time-series-dna-graph-ru

Лаборатория для исследования временных рядов в хроматине

time-series-dna-graph

Welcome to time series lab at SMTB 2021

Цикл лекций о структуре хроматина: Поиск особенностей

Цикл лекций о структуре хроматина: Поиск особенностей

Цикл лекций о структуре хроматина: Практическая работа с Hi-C

Цикл лекций о структуре хроматина: Введение

Структура ДНК для XREADYLAB

Как наши гены живут в 3D? Классическая генетика учит нас воспринимать геном как линейную ДНК с последовательно закодированными генами. Однако она не учитывает, что 2 метра ДНК упакованы в крошечное ядро, менее 10 микрометров в диаметре! Какие методы существуют для исследования этого явления и как в этом может помочь виртуальные вычисления?

Chromatin structure for SMTB 2020

DNA goes 3-dimensional: chromatin structure. Classical genetics has taught us to consider genome a linear DNA with genes encoded in its sequential fragments. Yet it completely disregards that 2 meters of DNA are packed into a tiny nucleus, less than 10 micrometers in diameter! Is there a chance that it happens randomly, without complex molecular machinery operating this process? Recent studies suggest that the nucleus behaves more like a busy city of micrometer size, where several types of drivers actively compact DNA and rule the genes expression.

Структура хроматина для ШМТБ 2020

Как ДНК становится трехмерной: структура хроматина Классическая генетика научила нас воспринимать геном как линейную ДНК с последовательно закодированными генами. Однако она не учитывает, что 2 метра ДНК упакованы в крошечное ядро, менее 10 микрометров в диаметре! Есть ли шанс, что это происходит случайно, без сложного молекулярного механизма, управляющего этим процессом? Недавние исследования показали, что ядро ведет себя скорее как оживленный город, где несколько типов молекулярных машин активно упаковывают ДНК и управляют экспрессией генов.

Midterm evaluation results

Results of the Omics Data Analysis course Midterm evaluation.

Epigenetics Practice 5 2020​

The 5th practice on epigenetics of "Analysis of omics data" Skoltech course. We will talk and practice on epigenetics data association.

Epigenetics Practice 4 2020​

Welcome to the 4th practice on epigenetics of "Analysis of omics data" Skoltech course. Today we will talk about Hi-C features calling.

Epigenetics Practice 3 2020​

Welcome to the 3rd practice on epigenetics of "Analysis of omics data" Skoltech course. Today we will talk about chromatin architecture and Hi-C. During the practice, we will go from raw Hi-C reads to the heat maps of interactions.

Epigenetics Practice 2 2020​

Today we have the second lecture and seminar on epigenetics. We will talk about DNA-protein binding and ChIP-Seq and ATAC-Seq for the detection of these events.

Epigenetics Practice 1 2020​

Welcome to Omics Data Analysis Practice on Epigenetics! Today we have our first lecture and seminar. We will cover the general problem of NGS and epigenetics, learn about quality control, ChIP-Seq, ATAC-Seq, DNase-Seq and BS-Seq basics. We'll also learn how to map DNase data and learn a little about epigenetics data association.

sc-ngs-ml

hic_assembly2019

chromatin_bioinfo