CAIS 2019 | Congreso Argentino de Salud

¿CÓMO UTILIZAMOS SNOMED-CT?

SnomedCT del registro a la estrategia

Lic. Botta Mariano Andrés

Título de la presentación

RESEÑA HISTORIA

Evolución de las herramientas aportadas por SNOMED-CT

SNOMED DATABASE LOADER

Scripts para importar RF2 a distintas bases SQL.

  • Mappeo CSV a tablas SQL.

  • No tiene endpoints estandar.

  • Poco expresividad.

  • Las consultas a la DB no estaban definidas.

  • Baja performance.

(*) https://github.com/IHTSDO/snomed-database-loader

MongoDB + Node.Js

Set de herramientas para importar RF2 a MongoDB y conjuntos de APIs en NodeJS

  • Endpoints.

  • APIs documentadas.

  • Importador de RF2 a MongoDB.

  • Soporte para ECL.

  • Optimizaciones en el diseño de las colecciones.

FEATURES:

(*) https://github.com/IHTSDO/sct-snapshot-rest-api

(*) https://github.com/IHTSDO/rf2-to-json-conversion

MongoDB + Node.Js

Set de herramientas para importar RF2 a MongoDB y conjuntos de APIs en NodeJS

  • No se pueden aplicar DELTA.

  • No soporta campos adicionales para RefSets.

  • Importador poco eficiente.

  • ECL no completo.

Desventajas/Faltantes:

Título de la presentación

SNOWSTORM

SNOWSTORM

Elasticsearch + Java Spring

SNOWSTORM

Elasticsearch + Java Spring

  • Endpoints bien definidos.

  • APIs documentadas (SWAGGER).

  • Escala horizontalmente.

  • Versionado de la herramienta.

  • Docker y Kubernetes.

FEATURES GENERALES:

(*) https://github.com/IHTSDO/snowstorn

SNOWSTORM

Elasticsearch + Java Spring

  • Importador de RF2 incorporado.

  • Versionado de ediciones.

  • Snapshot - Full - Delta.

  • ECL Completo.

  • Datos adicionales de reference set (ICD-10, MRCM).

  • Autoría de conceptos.

FEATURES ESPECÍFICAS:

(*) https://github.com/IHTSDO/snowstorn

SNOWSTORM

Elasticsearch + Java Spring

  • FHIR API.

  • Soporte de búsqueda en multi-lenguajes

  • Machine Readeable Concept Model

FEATURES ESPECÍFICAS:

(*) https://github.com/IHTSDO/snowstorn

Título de la presentación

VERSIONADO DE EDICIONES

SNOWSTORM

Versionado de ediciones - Orientado a Servidor de Terminología.

(*) https://github.com/IHTSDO/snowstorm/blob/master/docs/loading-snomed.md

  1. Edición como base principal.
  2. Crear rama
  3. Aplicar una extensión.
  4. Actualizaciones mediante deltas:

                                  De Base y de extensión.

Título de la presentación

ENDPOINTS MÁS FRECUENTES

Descripción básica de un concepto

GET /{branch}/concepts/{conceptId}

  • brach

  • conceptId

Parámetros:

Respuesta:

{
  "active": true,
  "conceptId": "string",
  "definitionStatus": "string",
  "effectiveTime": "string",
  "fsn": "string",
  "id": "string",
  "isLeafInferred": true,
  "isLeafStated": true,
  "moduleId": "string",
  "pt": "string"
}

Descripción amplia de un concepto

GET /browser/{branch}/concepts/{conceptId}

  • brach

  • conceptID

Parámetros:

Respuesta:

{
  "active": true, 
  "conceptId": "string",
  "definitionStatusId": "string",
  "descriptions": [
    {
      "acceptabilityMap": {},
      "lang": "string", 
      "term": "string",  
    }
  ],
  "fsn": "string",
  "relationships": [
    {
      
      "characteristicType": "string",
       "target": {
        "active": true,
        "conceptId": "string",
        "definitionStatus": "string",
        "fsn": "string", 
      },
      "type": {
        "active": true,
        "conceptId": "string",
        "definitionStatus": "string", 
        "fsn": "string", 
      }
    }
  ]
}

Navegación de la Jerarquía

GET /browser/{branch}/concepts/{conceptId}/ancestors

GET /browser/{branch}/concepts/{conceptId}/parents

GET /browser/{branch}/concepts/{conceptId}/children

Listado de hijos de un concepto.

Listado de padres directos de un concepto.

Listado de padres y "padres de padres" de un concepto.

Búsqueda de conceptos por terminos

GET /browser/{branch}/descriptions

Búsqueda de conceptos por palabras y semanticTag

  • term

  • semanticTag

  • active

  • conceptRefset

  • module

  • language

(!) Inconsistencia entre la versión del browser Internacional y la de github

Búsqueda de conceptos

POST /{branch}/concepts/

Búsqueda de términos filtrados por una Expression Constraint.

  • term

  • ecl

  • eclStated

  • definitionStatusFilter

  • conceptIds

(!) No se puede filtar por semantic tags

ReferenSet 

POST /{branch}/members

Retorna los miembros a lo que pertenece un concepto y sus campos adicionales

  • referenceSet: ID del reference set

  • referencedComponentId: ID del concepto a consultar

(*) Mappeo Snomed a ICD-10

Título de la presentación

DEMO

Y

EJERCICIOS

https://github.com/liquid36/cais-2019-snomed

https://browser.ihtsdotools.org/snowstorm/snomed-ct/v2

Snowstorm - CAIS 2019

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