Finding Topologically Associating Domains
Revealing hidden patterns in the three-dimensional structure of DNA
Ivar Grytten
Hi-C
Lieberman-Aiden et al. (2009)
Utvikle en ny metode
Hva er en forbedret metode?
Hva vet vi om TADs?
Kantbasert metode
Hierarkisk metode
Resultater og analyse
Verktøy i The Genomic HyperBrowser
Interaksjoner innad i domener
CTCF
Likhet mellom mus og menneske
Most of the boundaries appear to be shared across evolution ([...] 75.9% of mouse boundaries are boundaries in humans)
- Dixon et al. (2012)
Svakheter
Oppsummering
- Utviklet ny metode for å finne TADs
- Metoden gir domener som interagerer mer med seg selv og mindre med andre domener
- Utviklet verktøy i Hyperbrowseren finner og visualiserer domener
- Forslag til nye måter å analysere likhet mellom domener i mus og menneske samt forhold til CTCF.
Takk!
Finding TADs
By ivarg
