Tredjesemesters-

rapport

Ivar Grytten

Prosjekt 1: Reviewartikkel

• Opprinnelig plan: Reviewartikkel om graf-baserte genomer
   

• Status: Valgt å utsette
  • Vanskelig å finne interesant vinkling
  • Prosjekt 2 virket mer realistisk

Prosjekt 2: Coordinates and intervals in GBRGs

• Opprinnelig plan: Foreslå måter å representere intervaller i grafbaserte referansegenomer på

• Status:

  • Har skrevet en artikkel som er i review
  • Diskuterer koordinatsystem for GBRGs og foreslår intervallrepresentasjon
  • Sendt til BMC Bioinformatics i juli, svar i september, major revisjon sendt inn i oktober, venter på svar
• Vinkling i artikkelen:
  • Konseptualiserer og diskuterer koordinatsystemer
  • Foreslår intervallrepresentasjon
  • Bruker GRCh38 som eksempel og som "eksperiment"

• Partition the graph into region paths
• Offset based coordinate system:
  Region identifier + offset

Prosjekt 3: Comparing species using graphs

• Opprinnelig plan: Undersøke måter for å representere ulike arter i en felles graf for å analysere forskjeller/likheter mellom artene samt analysere datasett i denne referansen.

• Status:

  • ​Ikke gjort noe annet enn å veilede/hjelpe masterstudent

Nytt prosjekt:
Statistical genomics using GBRGs

• Mål: Undersøke om "statistical genomics" kan gjøres (bedre) ved å bruke grafbaserte referansegenomer

Nytt prosjekt:
Statistical genomics using GBRGs

• Status:
  Har en plan for et mulig prosjekt fra start til slutt:

  • Graf laget fra GRCh38

  • For ulike sykdommer: Hente GWAS SNPs fra UCSC gwas catalog

  • Mappe reads for åpent kromatin for en rekke celletyper

  • For hver sykdom, finn celletypen med mest interaksjon.

  • Sammenlign med tidligere studier. Avgjøre om det å bruke en graf gir andre/bedre resultater

Nytt prosjekt:
Statistical genomics using GBRGs

Nytt prosjekt:
Statistical genomics using GBRGs

Status:

• Må mappe åpent kromatin selv

• Jobber med å mappe ved å bruke vg/Hisat2

• Neste steg er statistikken i overlappsanalyse

• Om mapping ikke går:

  • Legge prosjektet på is, eller:

  • Jobbe uten ekte data

Andre interessante prosjekter

• Arabidopsis thaliana eller torsk
• Malaria

Oppsummering

• Prosjekt 1: utsatt på ubestemt tid
• Prosjekt 2: Artikkel i review
• Jobber med nytt prosjekt