Laise de Moraes
PhD Student - Health Sciences / UFBA / FIOCRUZ-BA
MINICURSO
Análises de variantes de SARS-CoV-2
Luciane Amorim
Felipe Rego
Thessika Hialla
Laise de Moraes
Marina Cucco
2021
COVID-19
03 novembro 2021
248,46 milhões de casos
5,02 milhões de mortes
/
SARS-CoV-2
/
Grupo IV: vírus de fita ssRNA positiva
Ordem: Nidovirales
Família: Coronaviridae
Subfamília: Coronavirinae
Subfamília: Betacoronavirus
Espécie: SARS-CoV-2
Envelopado
Esférico
120 nm
Glicoproteína S
Proteína E
genoma de ssRNA
Envelope
SARS-CoV-2
SEQUENCIAMENTO
- Processo que determina os nucleotídeos e sua ordem precisa em uma molécula de DNA ou RNA.
EXTRAÇÃO DE
DNA/RNA
PREPRAÇÃO DA BIBLIOTECA
SEQUENCIAMENTO
DE DNA/RNA
ANÁLISES DE BIOINFORMÁTICA
DADOS GENÔMICOS DE SARS-CoV-2
4,858,896
SUBMISSÕES DE GENOMAS
/
DADOS GENÔMICOS DE SARS-CoV-2
- Fornecem informações cruciais para o entendimento de como o vírus está sendo transmitido.
As mutações que ocorrem ao longo do tempo no genoma do SARS-CoV-2 permitiu a classificação em diferentes linhagens.
FILOGENIA
- Consegue estimar a história de um determinado conjunto de organismos ou sequências com base em uma suposta relação de ancestralidade.
Braço
Nó
Raiz
Táxon
COMO CONSEGUIR INFORMAÇÕES DE TANTAS SEQUÊNCIAS?
- A classificação em diferentes grupos pode ajudar a entender o comportamento do patógeno.
COMO CONSEGUIR INFORMAÇÕES DE TANTAS SEQUÊNCIAS?
- A classificação em diferentes grupos pode ajudar a entender o comportamento do patógeno.
CLASSIFICAÇÃO DO SARS-CoV-2
- CLADOS: classificação baseada apenas em SNPS
- LINHAGENS: uso de informações epidemiológicas em adição da informação genética
- PANGOLIN 1.0: árvore de máxima verossimilhança
- PANGOLIN 2.0: machine learning (pangoLEARN)
- PANGOLIN 3.0: pangoLEARN + scorpio + usher
PANGOLIN: Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages
CLASSIFICAÇÃO DO SARS-CoV-2
PANGOLIN 3.0
PANGOLIN 3.0
VARIANTES
PREOCUPAÇÃO (VOC) E INTERESSE (VOI)
VOC
| OMS | Pango | Primeira identificação | Rápida expansão | Aumento de severidade | Escape viral |
|---|---|---|---|---|---|
| Alfa | B.1.1.7 | Reino Unido, 09/2020 |
Sim | Sim | Pouco |
| Beta | B.1.351 B.1.351.1-B.351.5 |
África do Sul, 05/2020 |
Sim | Não estudado | Sim |
| Gama | P.1 P.1.1-P.1.17 |
Brasil, 11/2020 |
Sim | Não estudado | Não estudado |
| Delta | B.1.617.2 AY.1-AY.117 |
Índia, 0/2020 |
Sim | Não estudado | Não estudado |
SARS-CoV-2
Linhagens
Variantes
VOI
VOC
α
β
γ
δ
VARIANTES
PREOCUPAÇÃO (VOC) E INTERESSE (VOI)
VOI
| OMS | Pango | Primeira identificação |
|---|---|---|
| Epsilon | B.1.427 B.1.429 |
EUA, 3/2020 |
| Zeta | P.2 | Brasil, 04/2020 |
| Eta | B.1.525 | +5 países, 12/2020 |
| Theta | P.3 | Filipinas, 01/2021 |
| Iota | B.1.526 | EUA, 11/2020 |
| Kappa | B.1.617.1 | Índia, 10/2020 |
| Lambda | C.37 | Peru, 08/2020 |
| Mu | B.1.621 | Colombia, 01/2021 |
SARS-CoV-2
Linhagens
Variantes
VOI
VOC
ε
ι
η
θ
ζ
κ
λ
μ
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QUANTAS SEQUÊNCIAS PERTENCEM AO CLADO 20J (GAMMA V3)?
?
P.1, P.1.1 - P.1.17
4
!
?
QUANTAS SEQUÊNCIAS SÃO VARIANTE DELTA?
B.1.617.2, AY.1 - AY.117
PANGOLIN 3.0
36
!
?
DÚVIDAS?
Luciane Amorim # lucianeamorim@bahiana.edu.br
Filipe Rego # filiperego@bahiana.edu.br
Thessika Hialla # thessikaaraujo@bahiana.edu.br
Laise de Moraes # laise.moraes@fiocruz.br # @lpmor22
Marina Cucco # marinacucco@hotmail.com
Análises de variantes de SARS-CoV-2
By Laise de Moraes
Análises de variantes de SARS-CoV-2
06 de novembro de 2021 – Minicurso de Análises de Variantes de SARS-CoV-2 – III Semana de Biomedicina / X Simpósio de Biomedicina: "Biomedicina: profissão em evolução" – Escola Bahiana de Medicina e Saúde Pública (EBMSP).
