Rabies 

 lyssavirus

4103029030 資管三 陳昱豪

Outline

• What is Rabies lyssavirus
• Gene Info.
  • DNA
  • RNA
  • Protein
• Sequence Alignment
  • BLAST
  • Multiple sequence alignment
  • Clustal X/W

Outline

• 系統演化樹
  • UPGMA
  • NJ
  • ML
  • MP
  • ME
• RNA Structure

What is

Rabies virus ?

Accession Number NC_001542

• Gene  Name: Rabies virus

• This record has not yet been subject to final NCBI review

• The region(positions 4974-5363) may be a remnant protein gene.

狂犬病  Rabies 

1. 單股 RNA 具套膜病毒(negative-sense)
2. 屬於彈狀病毒科
   • 麗沙病毒屬(Lyssavirus) (屬中的第一型)
   • 水泡病毒屬 (Vesiculovirus)
   • 流行熱病毒屬 (Ephemerovirus )
3. 狂犬病是病毒引起的一種急性病毒性腦脊髓炎
4. 一旦發病，致死率幾乎100% (中樞神經遭破壞)
5. 死亡病例絕大多數（97%）由狗引起

臨床表現 

潛伏期

發病(初)

痙攣(中)

癱瘓(末)

2~12 weeks

症狀

傳染性

1~4 days

1~3 days

6~18 hours

恐水症

一天內死亡

基質蛋白M

醣蛋白G

核醣核蛋白

脂質包膜

緒論

研究背景 & 動機

2013年時台灣時隔50年再度爆發狂犬病病例
發病後就有近100%的死亡率的病毒究竟是什麼?

"Rabies comes from Taiwan"

研究目的

1. 透過基因序列比對工具來認識此病毒的特性

2. 熟悉能分析生物資訊的工具

Research Architecture

Rabies Intro.

Analysis gene

Analysis result

Conclusion

文獻探討

文獻

 Willoughby, RE; Tieves, KS; Hoffman, GM; Ghanayem, NS; Amlie-Lefond, CM; Schwabe, MJ; Chusid, MJ; Rupprecht, CE (June 2005).

"Survival after treatment of rabies with induction of coma".

密爾沃基療法（Milwaukee protocol）
是一種治療人感染狂犬病的實驗性治療方法。

病史記錄表明，大多數狂犬病人的死亡都是由暫時性大腦機能紊亂所導致的，而大腦本身只受到了很小的損傷，甚至根本沒有損傷。

利用主動誘導昏迷病患，爭取更長的反應時間和減少大腦所受損傷，讓病人免疫系統自行回復對抗病毒

Gene Information

DNA

Subtitle

 A: 28.7%     T:26.2%

 C:22.2%      G:22.9%

 A+T : 54.9%

C+G: 45.1%

ATG起始密碼子

11932 bp

DNA(continue)

DNA(continue)

11932 bp

RNA

RNA(continue)

Protein

Sequence alignment

Blast

統計： 共有100項

直到第15項相似度仍有98%

最後一項的相似度有96%

解說：

L protein = 大結構蛋白

RNA dependent RNA polymerase = RNA複製酶

Multiple sequence alignment

Multiple sequence alignment

Clustal   X/W

Clustal   X/W

Clustal   X/W

TreeView

1

2

3

4

5

6

7

8

9

10

系統演化樹

Pairwise distance

p-distance

Tajima's relative rate test

UPGMA

4

5

8

6

7

10

3

9

1

2

Neighbor Joining 

9

10

3

7

4

5

6

8

1

2

Maximum Likelihood

1

2

3

5

4

6

7

8

10

9

Maximum Parsimony 

1

2

8

6

4

5

3

7

9

10

Minimum Evolution

8

9

10

7

4

5

6

3

1

2

RNA Structure

dG = -25

Initially -30.2