Les Ateliers Archéomatiques
Lundi 14 et Mardi 15 Mai 2018 - MSH Val de Loire
Sylvain Badey
R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
Atelier Archéomatique 18.1
- langage de programmation et logiciel dédié aux statistiques et à la science des données
- inventé en 1993
- dérivé du langage S
- logiciel libre, gratuit, multiplateforme
- utilisé dans tous les secteurs scientifiques
- nombreuses extensions (packages)
- une interface graphique pour
- créé en 2011
- logiciel libre, gratuit et multiplateforme
- complète R avec
- un éditeur de script avec coloration syntaxique
- un affichage simultané de la console R, des fichiers, des graphiques et de l'aide
- la gestion des extensions
- des outils (production de rapports,...)
Rstudio
- Il est gratuit
- Il est compatible avec tout (imports / exports)
- Il est relativement facile a utiliser (et on trouve des tutos et de l'aide à profusion)
- Tout le monde l'utilise !
- Il permet d'automatiser et de reproduire les analyses statistiques récurrentes.
- Il y a un package pour tout !
- Il sait tout faire !!
- Les statistiques sont universelles
- On a pas (peu) de passif avec d'autres logiciels de statistiques
en archéologie
- Il existe des extensions pour tous nos besoins > CRAN Task View: Archaeological Science
- ... même en antrhopo ! > Frédéric Santos (PACEA)
- Il y a même un "manuel" dédié > Notes on Quantitative Archaeology and R (Mike Baxter)
- Nos analyses statistiques peuvent être reproductibles
made with The Historic Tale Construction Kit
R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
17 réponses pour 18 participants !!
Réponses au questionnaire Framaforms.org
R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
Comment avez vous connus l'existence de ces Ateliers Archéomatiques ?
Réponses au questionnaire Framaforms.org
R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
Selon vous quel est votre usage des logiciels/interfaces/packages suivants
Réponses au questionnaire Framaforms.org
R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
Avez vous un jeu de données pour l'atelier du mardi 15 mai ?
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R et Rstudio pour la manipulation statistique de données archéologiques.
Découverte de R et Rstudio
Pourquoi utiliser R et Rstudio (en archéologie)
Voyage dans le Tidyverse
Julien Barnier - Introduction à R et au Tidyverse
Installation de R et Rstudio
Installation
(cliquer sur les icônes pour accéder aux pages de téléchargement)
1) Installer d'abord R
2) Puis Rstudio
(approuvez tout ce que l'on vous demande.. ayez confiance !)
Découverte de RStudio
Premier contact
- Présentation de l'interface
- la console et l'invite de commande >
- les objets
- les objets simples
- les Vecteurs
- les fonctions
- arguments
- quelques fonctions
- l'aide
- l'autocomplétion
Découverte de RStudio
Présentation de l'interface
Console R
Source (script, données)
Environnement (+historique)
Répertoire (Files) Graphiques (Plot) Aide (Help)
Découverte de RStudio
Présentation de l'interface
Le panneau Source contient le script (alternance de #commentaires et d'instructions) que l'on enregistre pour reproduire la démarche statistique.
La console permet d'exécuter les instructions contenues après le >. Le résultat apparait à la suite (calculs), dans le panneau Plots (graphiques) ou Environnement (création de variables).
Le panneau Environnement permet de visualiser les tableaux importés et les objets créés. L'historique (onglet History) permet de renvoyer les instructions dans le panneau source (script) ou la Console.
Le panneau Files permet de définir l'espace de travail: parcourir avec [...] puis More > Set as working directory. Les autres onglets concernent les graphiques (Plots) les Packages et l'Aide (Help).
changer la position des panneaux
nouveau script.R
Importer CSV / XLS
Découverte de RStudio
EXERCICE
Créer un objet imc contenant l'Indice de masse corporelle de chaque individu interrogé.
Calcul de l'IMC:
Découverte de RStudio
EXERCICE
1) Créer un nouveau script
2) Copier la première ligne de commande qui commence par setwd(...)
Copier-Coller OU historique et [Shift + Entrée]
3) Commenter cette ligne
4) Enregistrer le script paleometallo.R
Découverte de RStudio
EXERCICE
1) Créer un nouveau script ceramologie.R
2) Définir le répertoire de travail
Note: C'est le même que pour les données précédentes
3) Importer le tableau Excel Amboise_ceram.xls
4) Commenter le script et l'enregistrer
Découverte de RStudio
EXERCICE
A la suite du script Paleometallo.R
Analyser la variable quantitative `longueur` du jeu de donnée `culot`
- indicateurs de centralité
- indicateurs de dispersion
- représentations graphiques
Découverte de RStudio
EXERCICE
A la suite du script Paleometallo.R
Analyser la variable qualitative`morphologie` du jeu de donnée `culot`
- faire un tri à plat
- y at'il des données manquantes (NA) ?
- représentations graphiques
Voyager dans le Tidyverse
Voyager dans le Tidyverse
readR
(prononcer rid-R)
Importer
Voyager dans le Tidyverse
tidyR
(prononcer taï-di-R)
Importer
Ranger
Voyager dans le Tidyverse
diplyR
(prononcer di-plaï-R)
Importer
Ranger
Transformer
Voyager dans le Tidyverse
ggplot2
Importer
Ranger
Transformer
Visualiser
Voyager dans le Tidyverse
l'opérateur pipe
Lundi 2 et Mardi 3 Décembre 2019 - MSH Val de Loire
coordonnés par Sylvain Badey et Amélie Laurent
Les Ateliers Archéomatiques
Lundi 2 et Mardi 3 Décembre 2019 - MSH Val de Loire
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un dépôt =>
diffusion de cette présentation =>
AA19 le jeu de données =>
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
21 réponses pour 23 participants !!
Mais qui êtes vous ?
Atelier AA - Mars 2019
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Provenances par départements
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Rattachements
Inrap
Coll. Ter.
Université-CNRS
Autre
Fonctions
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Comment avez vous connu l'existence de ces Ateliers Archéomatiques ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Selon vous quel est votre usage des logiciels/moteurs de BDD suivants ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Selon vous quel est votre usage des logiciels de BDD suivants ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Avez vous un jeu de données ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
18 réponses / 20 !!
Mais qui êtes vous ?
Atelier AA - Décembre 2019
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Provenances par départements
1
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Rattachements
Inrap
Coll. Ter.
Université-CNRS
Autre
Fonctions
Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Selon vous quel est votre usage des logiciels/moteurs de BDD suivants ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Selon vous quel est votre usage des logiciels de BDD suivants ?
Réponses au questionnaire Framaforms.org
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Avez vous un jeu de données ?
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Création d'une Base de données avec QGIS - SQLite/Spatialite
Réponses au questionnaire Framaforms.org
Sylvain Badey
Création et utilisation d'une base de données relationnelle, attributaire et spatiale avec les logiciels
QGIS et SQLite/Spatialite
Atelier Archéomatique 19.1
Julien Courtois
Thomas Guillemard
Atelier Archéomatique 19.1
Jour 1
- Présentation du SGBD SQLite/Spatialite (avantages, inconvénients, comparaison avec PostgreSQL/PostGIS). Interaction avec le logiciel QGIS.
- Pause déjeuner
- Manipulation d’un jeu de données fourni : nettoyage, préparation, structuration/relations, interface/formulaires via l'outil de glisser-déposer, interrogation/requête.
Jour 2
- Atelier collaboratif à partir des données apportées par les participants (ou un jeu de données fourni) : définition de problématiques, préparation et structuration des données.
- Pause déjeuner
- Suite de l’atelier : développement d’une interface, ergonomie ; interrogations et requêtes SQL.
Programme
Atelier Archéomatique 19.1
- Vous rêvez de recréer sur SIG les environnements de base de données auxquels vous êtes habitués ?
- Vous accumulez depuis des années des données dont vous ne savez plus que faire ?
- Vous vous sentez parfois limités par les possibilités offertes par vos logiciels SIG préférés ?
- On vous a refusé tous les budgets pour l’achat de logiciels de base de données ou SIG couteux ?
Pourquoi s’embarquer dans SQLite / Spatialite ?
Nous avons la solution !
Atelier Archéomatique 19.1
-
Structured Query Language
Le langage SQL, kezako ?
-
Il existe plusieurs variantes du langage SQL correspondant à autant de systèmes de gestion de base de données différents : SQLite, MySQL, PostgreSQL etc.
Atelier Archéomatique 19.1
Le langage SQL, kezako ?
La gestion de la base de données s’effectue via un langage codé, le langage SQL
Une grande partie de cette gestion peut-être effectuée par des logiciels disposant d’une interface graphique assimilant le code SQL
Mais
GIS
DB Browser
Atelier Archéomatique 19.1
Qu'est ce que
Moteur de base de données, accessible en langage SQL
Les +
1 seul fichier, léger, transportable, multiplateforme et LIBRE !
?
Les -
Fichier unique donc mono-utilisateur
Fichier unique de base (structure + données)
Atelier Archéomatique 19.1
Et Spatialite alors ?
Gestion des coordonnées, systèmes de projection, géométries, topologie etc.
Atelier Archéomatique 19.1
-
Est-il besoin de le présenter…
-
Dernière version : 3.10.10 Coruña
-
Dernière version LTR (Long-Term Release) : 3.4.13
Atelier Archéomatique 19.1
Présentation en live du logiciel
Atelier Archéomatique 19.1
Les bases de données relationnelles
-
Quelques rappels...
Atelier Archéomatique 19.1
Quel jeu de données allons-nous manipuler ?
Fouille de Saran (45) La Motte Pétrée
- Réalisée en 2016, 3 mois de terrain
- Dirigée par Laurent Fournier (Inrap)
- 2 zones de fouilles pour 18 000 m² ouverts
- Périodes représentées sur le site : premier âge du Fer, période romaine et Antiquité tardive, haut Moyen Âge, Moyen Âge et période moderne.
FOURNIER L. (dir.) – Centre-Val de Loire, Loiret, Saran, La Motte Pétrée. Occupations rurales successives de la fin du 1er âge du Fer à la période moderne, rapport de fouille, Pantin : Inrap CIF, 2018.- 2 vol. (977 p.) : ill. en coul., 333 figures ; 30 cm,
Atelier Archéomatique 19.1
Fouille de Saran (45)
La Motte Pétrée
Atelier Archéomatique 19.1
Atelier Archéomatique 19.1
Comment se présente une base SQLite
For SQL Army
Atelier Archéomatique 19.1
Ajouter la dimension spatiale
C'est bien joli tout ça mais c'est quoi le lien avec le SIG ?
Atelier Archéomatique 19.2
Bar - 18h
Le Bergerac - 93, rue Colbert
Resto Syrien - 20h
L'Alep - 95, rue Colbert
Sly 06 30 06 32 22
Lundi 9 et Mardi 10 Mars 2020 - MSH Val de Loire
Amélie Laurent-Dehecq & Sylvain Badey
11 réponses pour 11 participants !!
Réponses au questionnaire Framaforms.org
Comment avez vous connus l'existence de ces Ateliers Archéomatiques ?
Selon vous quel est votre usage des logiciels suivants
1
4
6
5
3
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Avez vous déjà fait une Interpolation, si oui laquelle ?
Logiciels utilisés
ArcGis
QGIS
Saga
- langage de programmation et logiciel dédié aux statistiques et à la science des données
- inventé en 1993
- dérivé du langage S
- logiciel libre, gratuit, multiplateforme
- utilisé dans tous les secteurs scientifiques
- nombreuses extensions (packages)
- une interface graphique pour
- créé en 2011
- logiciel libre, gratuit et multiplateforme
- complète R avec
- un éditeur de script avec coloration syntaxique
- un affichage simultané de la console R, des fichiers, des graphiques et de l'aide
- la gestion des extensions
- des outils (production de rapports,...)
Rstudio
- Il est gratuit
- Il est compatible avec tout (imports / exports)
- Il est relativement facile a utiliser (et on trouve des tutos et de l'aide à profusion)
- Tout le monde l'utilise !
- Il permet d'automatiser et de reproduire les analyses statistiques récurrentes.
- Il y a un package pour tout !
- Il sait tout faire !!
- Les statistiques sont universelles
- On a pas (peu) de passif avec d'autres logiciels de statistiques
en archéologie
- Il existe des extensions pour tous nos besoins > CRAN Task View: Archaeological Science
- ... même en antrhopo ! > Frédéric Santos (PACEA)
- Il y a même un "manuel" dédié > Notes on Quantitative Archaeology and R (Mike Baxter)
- Nos analyses statistiques peuvent être reproductibles
made with The Historic Tale Construction Kit
Installation de R et Rstudio
Installation
(cliquer sur les icônes pour accéder aux pages de téléchargement)
1) Installer d'abord R
2) Puis Rstudio
(approuvez tout ce que l'on vous demande.. ayez confiance !)
Découverte de RStudio
Premier contact
- Présentation de l'interface
- la console et l'invite de commande >
- les objets
- les objets simples
- les Vecteurs
- les fonctions
- arguments
- quelques fonctions
- l'aide
- l'autocomplétion
Découverte de RStudio
Présentation de l'interface
Console R
Source (script, données)
Environnement (+historique)
Répertoire (Files) Graphiques (Plot) Aide (Help)
Découverte de RStudio
Présentation de l'interface
Le panneau Source contient le script (alternance de #commentaires et d'instructions) que l'on enregistre pour reproduire la démarche statistique.
La console permet d'exécuter les instructions contenues après le >. Le résultat apparait à la suite (calculs), dans le panneau Plots (graphiques) ou Environnement (création de variables).
Le panneau Environnement permet de visualiser les tableaux importés et les objets créés. L'historique (onglet History) permet de renvoyer les instructions dans le panneau source (script) ou la Console.
Le panneau Files permet de définir l'espace de travail: parcourir avec [...] puis More > Set as working directory. Les autres onglets concernent les graphiques (Plots) les Packages et l'Aide (Help).
changer la position des panneaux
nouveau script.R
Importer CSV / XLS
Découverte de RStudio
EXERCICE
Créer un objet imc contenant l'Indice de masse corporelle de chaque individu interrogé.
Calcul de l'IMC:
IMC = \frac{poids (kg)}{taille² (m)}
Découverte de RStudio
EXERCICE
1) Créer un nouveau script
2) Copier la première ligne de commande qui commence par setwd(...)
Copier-Coller OU historique et [Shift + Entrée]
3) Commenter cette ligne
4) Enregistrer le script paleometallo.R
Découverte de RStudio
EXERCICE
1) Créer un nouveau script ceramologie.R
2) Définir le répertoire de travail
Note: C'est le même que pour les données précédentes
3) Importer le tableau Excel Amboise_ceram.xls
4) Commenter le script et l'enregistrer
Découverte de RStudio
EXERCICE
A la suite du script Paleometallo.R
Analyser la variable quantitative `longueur` du jeu de donnée `culot`
- indicateurs de centralité
- indicateurs de dispersion
- représentations graphiques
Découverte de RStudio
EXERCICE
A la suite du script Paleometallo.R
Analyser la variable qualitative`morphologie` du jeu de donnée `culot`
- faire un tri à plat
- y at'il des données manquantes (NA) ?
- représentations graphiques
Packages pour faire des Geostatistiques avec R
AA_18_19_20
By Formation_SIG
AA_18_19_20
Introduction - présentation AA2018
